A Roma si ferma per un anno aderendo al Partito socialista e scrivendo qualche articolo per l’«Avanti!» Ma la scissione di Palazzo Barberini operata da Saragat e la conferenza di organizzazione del PCI tenuta a Firenze in questo stesso periodo lo convincono ad aderire al partito di Togliatti, in quanto ritenuto il più valido strumento per il compimento della rivoluzione proletaria in Italia.
L’anno successivo si trasferisce a Foggia, dove qualche tempo prima era arrivato suo fratello, che era direttore della Sepral (Sezione provinciale per l’alimentazione), e dove trova impiego come avventizio presso l’UPSEA (Ufficio provinciale di statistica per l’economia agraria). Ma ormai l’attività politica lo assorbe totalmente.
Nominato responsabile stampa e propaganda della sezione “Centro” di Foggia, al VII Congresso provinciale tenutosi nel dicembre del 1947 viene chiamato a far parte del Comitato Federale. Nel mese di febbraio 1948 gli viene affidato l’incarico di responsabile della sezione stampa e propaganda e nel mese di marzo fa la scelta di funzionario del partito a tempo pieno, entrando a far parte della segreteria provinciale. Dal dicembre 1948 al giugno 1949 frequenta la scuola di partito “Marabini” di Bologna riportando un lusinghiero giudizio dai parte di chi dirige la stessa. Al ritorno a Foggia gli è affidata la responsabilità di seguire il settore-quadri. Conte si trova così a essere coinvolto in una vicenda politica di grande interesse nazionale e diventa uno dei costruttori non solo del “partito nuovo” di Palmiro Togliatti, ma della democrazia nel Mezzogiorno.
Sono tempi di duro scontro non solo a livello nazionale, ma anche in Capitanata, che costituisce uno degli epicentri più interessanti dello scontro sociale e politico. La rottura dei governi di unità antifascista del 1947 pesa su tutto il clima politico. In provincia di Foggia il 9 febbraio 1948 vengono uccise a San Ferdinando di Puglia cinque persone, tra cui un bambino di sette anni. Le elezioni del 1948 si svolgono in un clima infuocato. La D.C., guidata da De Gasperi, vince le elezioni conquistando la maggioranza assoluta dei seggi in Parlamento e battendo clamorosamente il Fronte Popolare composto da comunisti e socialisti. La vittoria della D.C. che forma un governo quadripartito con gli altri alleati di centro e il successivo attentato a Togliatti del 14 luglio 1948 creano una situazione pesantissima. La sinistra unita si trova a dover affrontare una fase difficilissima e cerca di uscire dalla difensiva. Si pone il problema di individuare il terreno di attacco dell’iniziativa politica. In questo periodo non cessano gli episodi di lotta e la repressione anche sanguinosa. Sono gli anni degli eccidi di Melissa, Modena, Montescaglioso. Nonostante la pesante repressione operata dal ministro degli Interni Scelba, il movimento di lotta in provincia di Foggia non cessa sia sul terreno delle rivendicazioni sindacali sia sul terreno politico come risposta alla repressione governativa.
Appartengono a questo periodo l’eccidio di Torremaggiore del 29 novembre 1949 con la morte dei braccianti La Vacca e Lamedica, e i moti di San Severo del 23 marzo 1950, che provocano lo stato d’assedio del paese con oltre 150 arresti. Un episodio che a molti anni di distanza conserva ancora dei lati oscuri, ma che è il frutto anche di una valutazione sbagliata del gruppo dirigente della CGIL e del PCI. E Luigi Conte, all’epoca componente della segreteria provinciale comunista, in una nota biografica stilata qualche anno dopo, non fa mistero di questa errata valutazione. Dal maggio 1950 ad ottobre dello stesso è nominato vice-segretario provinciale della Federazione.